r语言火山图（R语言火山图标记感兴趣基因）
摘要：
1、R语言常用在数据统计分析、数据绘图和数据挖掘，是一种编程语言与操作环境，R语言可以下载源代码进行使用，甚至已经编译的可执行文件也能直接下载使用，2、第一步，使用R语言运行“re... 本篇目录：
R语言代码能抄吗
1、R语言常用在数据统计分析、数据绘图和数据挖掘，是一种编程语言与操作环境。R语言可以下载源代码进行使用，甚至已经编译的可执行文件也能直接下载使用。
2、第一步，使用R语言（RStudio）运行“read.csv（）”读取数据，发现代码运行不正确，见下图，转到下面的步骤。
3、r语言的特点：R是自由软件。这意味着它是完全免费，开放源代码的。可以在它的网站及其镜像中下载任何有关的安装程序、源代码、程序包及其源代码、文档资料。
4、选中，然后执行F5按键，R语言就会画出一个简单的房子，具体代码可以参见下图。
R数据可视化14:生存曲线图
在DataTables的表格中将Excel的数据黏贴过来，注意实验组和对照组Y轴数值应写在不同列中。点击Graphs中的Data1即可马上查看到制作好的生存曲线。以上是R语言画生存曲线标注相对危险度法的方式。
安装和加载包 绘制Kaplan-Meier生存曲线需要用到的R包：survminer和survival。library(survminer) # 加载包 library(survival) # 加载包 2 拟合曲线 R中使用survfit()函数来拟合生存曲线。
facet.by = NULL， #一个字符向量，包含将生存曲线分成多个面板的分组变量的名称。add.all = FALSE， #一个逻辑值。 如果为TRUE，则在主图中添加合并患者(null model)的生存曲线。
Survival curve-生存曲线 在有关差异表达基因和生物标志物模型分析中，经常会见到生存曲线分析。（1）创建 （2）写入/导入数据 （3）Graphs （4）结果，治疗组与对照组没有显著性差异。
确定数据类型：首先需要确定要绘制的曲线图的数据类型。不同的数据类型可能需要选择不同的绘图方法。例如，时间轴上的数据需要使用折线图，而品牌销售数据需要使用条形图。
求助,r语言怎么画差异蛋白的火山图
差异基因数据解读经过合适的差异基因方法筛选出的差异基因，结果一般分为两部分，数据+图形。数据结果展示如下图所示（两分组）众多参数中，重点看三个。p-value或q-value没有做生物学重复请跳过这一步。
上图中没有将p值信息展示出。因此另一种思路是，颜色代表p值，这样就可以在图中获得一个渐变梯度。同样使用ggplot2的方法绘制，和上述过程相比仅在颜色指定上存在区别。
标准的火山图常用于展示显著差异表达的基因，这里有两个关键词：显著是指P0.05，差异表达一般我们按照Fold Change(倍数变化)=0作为标准。
即向外画线，高度为半行文本高；观察图1左下角小图的坐标轴刻度线 cex控制缺省状态下符号和文字大小的值，用于表示对默认的绘图文本和符号放大多少倍。
我们画火山图，只需要其中的log2FC和FDR就可以了。在绘图之前，我们需要对FDR进行转换，将它的值变成-log10，如果有0，会产生Inf，需要去除。这样的话可以拉开差异表达基因之间的间距。在纵坐标上才可以很好的显示出来。
R语言自学笔记-2内置数据集
R语言内置的数据集中既有连续型变量，也有离散型变量。
rbind(A， B) ：纵向合并两个数据框（数据集），两个数据框必须拥有相同的变量，不过它们的顺序不必一定相同。
使用within函数进行转化 within(data， expr， ...) data：要处理的数据； expr：计算表达式。fix()函数 使用fix()函数调用交互式编辑器修改变量名。
一般来说我们需要分析的数据，每一行代表一个样本，每一列代表一个 变量。下面我们用 R 内置的数据集 iris 来看一看数据框的使用。
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