r语言animation包(r语言动画)
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用R制作gif动态图以及从gif中提取图片
1、从gif动图中提取每帧图片 在ImageMagick中可通过命令行模式来实现这个功能,其一般命令为convert test.gif -coalesce result_%05d.png。
2、首先来看看用到的图片,是带白色底色的gif动图。打开PS,并将图片拖入。点击上方视图按钮,选择时间轴,调出时间轴面板。在左边工具栏选择“魔棒工具”,然后点击想要扣的图片中白色部分(底色),再按键盘上“Delete”键删除,此时可以看到背景已经被删掉了。
3、狸窝家园提供了制作gif动态图的工具和方法。首先,通过将视频片段转换,可以轻松获得所需的动态图。只需将视频文件导入至狸窝家园,选择所需时间区间,然后将视频片段导出为gif动态图。这一过程简单快捷,无需复杂的视频编辑技能。其次,狸窝家园允许用户将静态图片转变为动态gif。
COS访谈第二十期:千秋邈矣独留我,百战归来再读书:谢益辉
谢益辉自力更生,开发出了knitr包,实现了数据分析与数据报告的有机结合,大幅增强了研究的可重复性。knitr的成功出乎谢益辉的意料,但他将其视为让人们可以简单地把文字和分析有机融合起来的目标实现。谢益辉的下一个目标是开发基于R Markdown的书籍编辑包,实现实时动态编辑,进一步推动学术研究的可重复性。
knitr的成功超出了谢益辉的初衷,它不仅解决了数据科学家在使用LaTeX和R时的困难,还极大地增强了研究的可重复性,降低了作弊成本,提高了学术界的诚信度。谢益辉的下一个目标是创建一个基于R Markdown的书籍编辑包,实现实时动态编辑和交互式内容。
【分子动力学】PyMol入门教程
1、PyMol作为分子动力学的强力工具,它的直观界面和功能丰富的操作将带你领略分子世界。首先,点击Wizard菜单,进入Demo-Representations,这里有12种示例展示,让你快速熟悉工作界面。记得定期更改工作路径,通过File-Working Directory-Change,为每个项目设置独立目录,如从PDB文件导入时保持整洁。
2、设置工作目录是PyMol操作的基础。点击“File”菜单中的“Working Directory”选项,可以方便地更改或查看当前目录。将工作目录设置为项目所在目录,能确保文件的快速打开与保存,如同R语言项目管理方式,便于项目追踪。下载蛋白质文件是PyMol的重要步骤。可以通过网站或直接在软件中使用“Get PDB”功能。
3、在进行分子动力学(MD)模拟前,常常需要对蛋白pdb文件的两端进行封端处理,以消除电荷影响。使用pymol进行封端操作相当便捷。以下是详细的步骤:首先,启动pymol,通过命令行打开并加载pdb文件(图1)。接着,在右下角选择显示序列,选中N端和S端的残基(图2),生成名为sele的对象,以便进行后续操作。
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